Cabe ao FNDE e ao Conselho de Alimentação Escolar (CAE) fiscalizar a execução do programa, sem prejuízo da atuação dos demais órgãos de controle interno e externo, ou seja, do Tribunal de Contas da União (TCU), da Controladoria Geral da União (CGU) e do Ministério Público.
Caso o CAE constate qualquer irregularidade identificada na execução do PNAE, inclusive em relação ao apoio para seu funcionamento, deverá comunicar o fato ao FNDE, aos Tribunais de Contas, à Controladoria- Geral da União, ao Ministério Público e aos demais órgãos de controle, sob pena de responsabilidade solidária dos conselheiros.
Qualquer pessoa física ou jurídica pode denunciar irregularidades a um desses órgãos, ficando assegurado o sigilo de seus dados.
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